如果商标初审不合格，商标局会发出不予受理通知书。如果商标实质审查不合格，商标局会发出审查意见通知书，申请人可以在规定期限内答复或申请复审。在公示期内，任何人都可以提出对该商标的异议，商标局将依据实践法律法规进行审查和判决。商标注册成功后，商标权人享有在注册商标使用范围内的专有权利。
申请注册商标无效的原因可以有多种情况，主要包括以下几点：
1. 商标不符合注册条件：商标申请人提交的商标可能不符合商标注册法律法规的要求，如违反公共利益、违反社会主义道德风尚、与他人已注册商标相类似等。
2. 商标不具有区别力：商标申请人提交的商标可能与他人已注册商标或公众习惯使用的标识相似度较高，缺乏独特性和区别力，因此无法通过注册程序。
3. 商标申请不完整或不规范：商标申请人提交的材料不完整、不规范或存在错误，如遗漏重要文件、未提供必要的证明材料、填写表格错误等，导致商标申请无效。
申请注册商标无效的程序一般分为以下几个环节：
1. 商标初步审查：商标局对申请商标进行初步审查，检查商标是否符合注册条件，如商标是否具有区别力、是否与他人商标相类似等。如果商标初审不合格，商标局会发出不予受理通知书。
2. 商标实质审查：商标初审合格的商标申请会进入实质审查阶段，商标局会对商标进行更为详细的审查，确定是否可以予以注册。如果商标实质审查不合格，商标局会发出审查意见通知书，申请人可以在规定期限内答复或申请复审。
3. 商标注册公告和异议：商标局实质审查通过后，将商标公告在商标公告报上，公示一段时间。在公示期内，任何人都可以提出对该商标的异议，商标局将依据实践法律法规进行审查和判决。
4. 商标注册证书颁发：如果商标在公示期内未收到有效的异议，商标局会核准商标注册，并颁发商标注册证书。商标注册成功后，商标权人享有在注册商标使用范围内的专有权利。