根据《中华人民共和国刑法》第三百一十一条规定，非法运输国家重点保护植物的行为属于犯罪，必须依法追究刑事责任并予以相应处罚。同时，如果涉及境外行为，还将受到各国相关法律的制裁。
根据《中华人民共和国刑法》第三百一十一条规定，非法运输国家重点保护植物的行为属于犯罪，必须依法追究刑事责任并予以相应处罚。
具体处理方式如下：
1. 处罚金额：根据违法所涉及的数量、价值和情节等因素，以及罪犯是否有坦白、主动赔偿等情节可以酌情考虑，判决数额一般较大。
2. 拘役或有期徒刑：情节严重的非法运输国家重点保护植物行为可能被判处拘役，情节特别严重的可能被判处有期徒刑，刑期根据具体情况来定。
3. 赔偿：罪犯还要承担非法运输国家重点保护植物所造成的损失，赔偿植物的原值和损失、鉴定费用、维护费用等相关费用。
4. 没收非法所得：对于非法运输国家重点保护植物的行为，相关非法所得也会被依法追缴、没收。
需要注意的是，具体的处罚情况还会受到地区法律法规和行政规定的影响，可根据具体案件情况进行综合判断和决定。同时，如果涉及境外行为，还将受到各国相关法律的制裁。