调解机构将会协助双方重新商讨解决方案。仲裁委员会将会对纠纷进行调查，并作出裁决，具有法律效力。对于员工合同纠纷的具体处理部门，各国不尽相同。在中国，一般由劳动争议调解委员会、劳动争议仲裁委员会和法院等相关部门负责处理。
员工合同纠纷一般可以通过以下几种途径进行处理：
1. 内部协商：雇主和员工可以通过自愿协商的方式解决合同纠纷，明确各自的权利和义务，并达成双方都能接受的解决方案。
2. 劳动争议调解：如果协商无法达成一致，可以向劳动争议调解机构或劳动部门提出申请，寻求第三方的调解。调解机构将会协助双方重新商讨解决方案。
3. 仲裁申请：如果协商和调解无法解决纠纷，雇员可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将会对纠纷进行调查，并作出裁决，具有法律效力。
4. 诉讼：如果仲裁裁决不能满足雇员的要求或者一方不同意仲裁结果，雇员可以在劳动争议解决的法定期限内向法院提起诉讼，由法院判决纠纷。
对于员工合同纠纷的具体处理部门，各国不尽相同。在中国，一般由劳动争议调解委员会、劳动争议仲裁委员会和法院等相关部门负责处理。在其他国家，可能会有类似的劳动部门或法院负责劳动纠纷的处理。具体情况可根据当地相关法律和制度进行查询。