如果能够证明制造、销售的农药导致了实际的经济损失或危害了公共安全，可以认定为构成生产伪劣农药罪。经调查发现，该企业私自替换了部分原料，并且在生产过程中未经允许私自增加了一些有害物质。而这些伪劣农药上市后，导致多地农作物受到严重伤害，农民遭受重大经济损失。基于上述情况，可以认定该企业构成了生产伪劣农药罪。
判断是否构成生产伪劣农药罪的关键在于以下几个方面：
1. 产品质量标准：农药必须符合国家的质量标准和法规要求，包括成分含量、毒性指标、使用说明等。如果农药的成分与标签上注明的不符合，或者超过了国家规定的有害物质含量标准，可以认定为伪劣农药。
2. 生产过程违法行为：生产伪劣农药的过程中，可能存在一系列的违法行为，如使用假冒伪劣原料、擅自改变配方、私自加入有害物质等。这些行为都属于违法生产农药的范畴，可以视为构成生产伪劣农药罪。
3. 造成的危害结果：农药的质量不合格可能会对作物产生负面影响，甚至对人体健康和环境造成危害。如果能够证明制造、销售的农药导致了实际的经济损失或危害了公共安全，可以认定为构成生产伪劣农药罪。
以下是一个案例分析：
某农药生产企业的产品被检测出成分含量不符合国家标准，且含有超过标准的有害物质。经调查发现，该企业私自替换了部分原料，并且在生产过程中未经允许私自增加了一些有害物质。而这些伪劣农药上市后，导致多地农作物受到严重伤害，农民遭受重大经济损失。基于上述情况，可以认定该企业构成了生产伪劣农药罪。
需要注意的是，判断是否构成生产伪劣农药罪需要综合考虑具体案件的证据和法律法规，建议在具体情况下咨询专业的法律人士进行判断和指导。