对于已经缴纳的营业税，按照营业税法规定进行退税或抵扣。需要注意的是，增值税和营业税是两种不同的税种，对应的税务政策和办理程序也不同。在企业改制设立时，应当根据具体情况，向当地税务部门咨询，并按照相关规定进行操作和申报。
企业改制设立时缴纳增值税和营业税的具体办法如下：
1. 增值税：企业改制设立时，对于已纳税的商品，按照原有政策进行退税或抵扣。对于已经缴纳增值税和再制造产生的增值税，按照增值税法规定进行退税或抵扣。
2. 营业税：企业改制设立时，对于已纳税的营业税，按照原有政策进行退税或抵扣。对于已经缴纳的营业税，按照营业税法规定进行退税或抵扣。
需要注意的是，增值税和营业税是两种不同的税种，对应的税务政策和办理程序也不同。在企业改制设立时，应当根据具体情况，向当地税务部门咨询，并按照相关规定进行操作和申报。