如果合同中有约定管辖法院的，按照约定进行。需要注意的是，具体程序可能因地区而异，请根据当地的法院规定和法律法规进行操作。同时，建议在申请立案前咨询律师，以获得专业的法律意见和帮助。
合同纠纷的立案是通过法院来进行的，这需要按照以下步骤操作：
1. 准备材料：收集与合同纠纷有关的证据和文件，如合同、交易记录、对话记录等。准备好起诉状（包括原告、被告的基本信息、事实经过、请求、证据等）。
2. 选择管辖法院：根据合同签订地、合同履行地或被告所在地，确定管辖法院。如果合同中有约定管辖法院的，按照约定进行。
3. 编写起诉状：将准备好的起诉状书面提交给管辖法院，可以亲自递交或通过邮寄、网络等方式递交。
4. 缴纳案件受理费：根据法院规定，缴纳相应的案件受理费。
5. 受理立案：法院接收到起诉状后，经过审查决定受理与否。如果受理，法院会发给你一份立案回执，说明好诉讼案号。
需要注意的是，具体程序可能因地区而异，请根据当地的法院规定和法律法规进行操作。同时，建议在申请立案前咨询律师，以获得专业的法律意见和帮助。