然而，在一些案件中，往往存在着经营活动与法律规定的界限模糊，难以明确其是否属于非法经营，导致难以认定非法经营罪。在实践中，经济犯罪往往具有相互交叉、重叠的特点，从而导致难以准确划分各个罪名的界限，为认定非法经营罪带来困难。
非法经营罪的认定难点包括以下几个方面：
1.经营活动是否属于非法经营：非法经营罪的认定需要确定被告人的经营活动是否符合法律规定，是否具备相关的经营资质和手续。对于一些涉及新兴行业或创新经营模式的案件，法律界限模糊，往往需要根据具体情况进行综合分析和裁判，难以确定其是否属于非法经营。
2.主观故意认定：非法经营罪是一种故意犯罪，必须要求犯罪主体具有主观故意，即明知自己进行的经营活动属于非法经营而仍然进行。然而，在实际案件中，很难直接证明被告人是否有明确的主观故意，而常常需要通过推理和间接证据的方法进行推断，增加了认定上的难度。
3.非法经营的主客观关系：非法经营罪的构成要件包括客观和主观两个方面。在主观方面，需要被告人具有故意；而在客观方面，需要有实施经营活动的客观行为。然而，在一些案件中，往往存在着经营活动与法律规定的界限模糊，难以明确其是否属于非法经营，导致难以认定非法经营罪。
4.证据收集困难：非法经营罪通常涉及经济和商业活动，而经济活动涉及的交易复杂多变，证据收集难度较大。尤其是对于一些具有高度隐蔽性的非法经营行为，如地下银行、非法传销等，涉及物证、证人证言和电子证据等多种证据形式，往往需要依靠跨部门协作和国际合作才能获得充分的证据，加大了认定难点。
5.构成关系与其他犯罪行为之间的界限：非法经营罪的界定需要与其他犯罪行为进行区分，如非法集资、诈骗等。在实践中，经济犯罪往往具有相互交叉、重叠的特点，从而导致难以准确划分各个罪名的界限，为认定非法经营罪带来困难。